منذ نحو 250 عامًا ظل اسم مسجد النبي دانيال، وسط الإسكندرية لغزًا محيرًا للكثيرين، حيث اختلف المؤرخون حول نسب تسميته، فمنهم من ينسبع إلى نبي الله دانيال وآخرون ينسبونه إلى أحد أولياء الله الصالحين. ومؤخرًا عانى الضريح من حالة من الإهمال أثرت بشكل كبير على حالته الإنشائية، قبل أن يعلن محمد متولي مدير منطقة آثار الإسكندرية والساحل الشمالي، عن بدء إجراءات صيانة شاملة للضريح الأثري بمسجد النبي دانيال بمنطقة محطة الرمل، بالتنسيق مع وزارة الأوقاف.
ويعاني من ترسبات للأملاح على الجدران وعوامل الرطوبة، بالإضافة بعض التصدعات، مشيرًا إلى أنه جارٍ العمل على تلافي تلك المشكلات في فترة زمنية قد تصل إلى شهرين تحت إشراف أثري وهندسي كامل لمنطقة آثار الإسكندرية والساحل الشمالي. من جانبها تقدم "مصر العربية"، معلومات عن الضريح على لسان محمد متولي،مدير منطقة آثار الإسكندرية والساحل الشمالي. يقول "متولي"، إن الضريح مسجل في في عداد الآثار الإسلامية والقبطية بالقرار رقم 231 لسنة 2005 .
وأشار إلى أنه وفقا للمعلومات الموثقة بقطاع الآثار الإسلامية والفبطية بمنطقة آثار الإسكندرية والساحل الشمالي، ينسب المسجد إلى العارف بالله محمد بن دانيال الموصلي، وهو أحد شيوخ المذهب الشافعي في نعاير القرن 14 الميلادي، ثم حرف اسم المسجد إلى نبي الله دانيا أحد أنبياء بني إسرائيل.
ولفت مدير آثار الإسكندرية إلى أن ذكر اسم النبي دانيال يرجع إلى رغبة المسلمين في إطلاق أسماء أنبياء الله على المساجد تبركا بها مثل مسجد الخضر ومسجد سليمان.
ويقع الضريح بالجهة الشرقية داخل مسجد النبي دانيال في الشارع الشهير الذي يحمل نفس الاسم بمنطقة محطة الرمل ويمكن الوصول إليه عن طريق سلالم خشبية تؤدي إلى باب مستطيل الشكل يحمل زخارف هندسية.
وتنخفض حجرة الضريح عن مستوى الأرض بنحو 2,5 متر ويمكن النزول إليها عن طريق سلم خشبي بفتحة مثمنة بأرضية حجرة الضريح العلوية وهي عبارة عن شكل محراب وكان يعلو الضريح قبة لم يتبقى منها سوى العنق المثمنة، كما كان ملحق بالمسجد صهريج مياه مكون من طابقين. كما تحتوي حجرة الضريح على تركيبة خشبية كتب عليها قبر النبي دانيال يجاورها من الناحية الغربية تركيبة خشبية أخرى كتب عليها قبر الحكيم لقمان.